甲状腺囊肿会出现甲状腺一侧或双侧肿大，压之有囊性感，局部肤色正常，无明显压痛。甲状腺囊肿多为良性，甲状腺癌伴甲状腺囊肿者比较少见。恶性的甲状腺囊肿需要手术切除；而良性囊肿较小的，可以随访观察，不需要治疗；如果囊肿比较大，有压迫症状，可以在B超下进行细针穿刺，把囊液都清除，减轻压迫。
还需通过查甲状腺功能、基础代谢率测定等，排除甲状腺功能亢进症、甲状腺炎、甲状腺腺瘤及甲状腺癌等。彩超检查可发现除甲状腺肿大外，还出现液平波，才可以诊断甲状腺囊肿。如果观察中发现囊肿恶变，需要及时手术切除。甲状腺囊肿其实也是甲状腺结节的一个特殊形式。对于甲状腺囊肿，首先要了解甲状腺的功能，如果甲状腺功能是正常的，那么对囊肿可以不用给予特殊的治疗，只需保持定期的观察就可以。如果已经产生颈前压迫症状，也可以进行手术切除。还可以用中医治疗，中医认为是气滞痰凝血淤导致，可以用活血化瘀散结治疗。