如果卵巢巧克力囊肿已经破裂，建议应该立即进行手术，将破裂的囊肿切除，并且在术中尽量清洗盆腔，主要的目的是将盆腔内的破碎的囊液全部清洗干净，避免具有活性的子宫内膜移位的细胞，种植在其他的脏器上，以免引起盆腔的内膜异位症。建议患者在术后应该给予达菲林治疗半年，避免囊肿的复发。另外也可以在宫腔内放置曼月乐环，主要的目的使子宫内膜萎缩，从而达到治疗子宫内膜异位症的目的，避免卵巢巧克力囊肿复发那么，此类患者在术后一定要进行定期的复查，每半年做一次超声检查。

目前在临床上并没有发现哪种运动能够有效的控制住巧克力囊肿。因为女性做普通运动为了增强体质提高机体的抵抗力，但是并不能够抑制巧克力囊肿的长大，也不会让巧克力囊肿出现萎缩，变小的现象。同时对于卵巢巧克力囊肿过大的女性，如果进行剧烈的运动，有可能会导致巧克力囊肿破裂，甚至会引起囊肿的扭转。所以对于巧克力囊肿太大的女性，在临床上反而建议禁止做剧烈的运动。同时，在医生的诊疗下，应格外建议尽快的进行手术切除治疗，将巧克力囊肿病灶进行切除，术后要积极的预防复发。

对于巧克力囊肿过大的女性，很容易在剧烈运动或者是同房的刺激下，而引起卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。如果女性出现巧克力囊肿破裂，最主要的症状就是出现突发性的下腹部剧烈疼痛，随着囊肿破裂时间的增加，就会有明显的肛门坠胀现象，同时还会导致，如果破裂时间太久出血太多，那还会导致晕厥表现。对于出现巧克力囊肿破裂的女性，通常就需要急诊行腹腔镜手术，或者是开腹手术将卵巢巧克力囊肿切除。由于巧克力囊肿破裂以后，可能会导致盆腔各处都有异位的子宫内膜，所以术后需要肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来继续治疗，其目的就是为了预防巧克力囊肿的再次复发。而且在手术后一个月还需要复查彩超，看盆腔的恢复情况，同时要禁止同房一个月以上。

巧克力囊肿手术治疗是首选。药物治疗主要达到卵巢抑制目的，或“假孕”和“假绝经”。目前常用药物是孕激素、内美通和促性腺激素释放激素激动剂等。促性腺激素释放激素激动剂作用机制是通过下调垂体促性腺激素分泌，抑制卵巢释放雌、孕激素，造成体内低雌激素状态，起到暂时性药物“去势”作用，使异位内膜萎缩达到治疗目的。研究证明促性腺激素释放激素激动剂有效且安全，主要副反应是低雌激素状态引起更年期症状，如潮热、出汗、阴道干涩、烦躁、抑郁及骨质丟失、关节痛等。为改善用药者症状，需同时补充少量雌激素，即“反向添加”治疗，目的改善低雌激素状态的同时，不促进内异症病灶复发。“反向添加”除可明显改善症状外，骨密度下降也会减少。对内异症引起疼痛治疗办法最多，但特效药不多，治疗效果不理想。可首选非甾体类消炎药，如布洛芬等。若没有生育要求，可放置曼月乐治疗。

巧克力囊肿的患者可以怀孕，由于巧克力囊肿的异位病灶，对卵巢的破坏比较大，影响到卵巢的排卵，患者受孕比较困难。患者的症状较轻微，有自然受孕的几率要及早的受孕。试孕半年以上不能够正常的受孕，患者要根据彩超、CT以及妇科检查等各种情况，在排除其他原因导致的不能怀孕的情况下，选择进行手术或药物治疗。患者选择手术治疗巧克力囊肿，一般术后要配合药物治疗3个月，治疗之后患者要尽早的怀孕。巧克力囊肿容易复发，而且反复的手术对卵巢的破坏比较大，不利于患者的受孕。如果经过治疗之后不能正常的受孕，建议患者可以选择辅助生殖技术。