巧克力囊肿手术后是否影响生育，需要了解清楚手术的过程，如果患者没有生育过，临床医生一般会考虑患者有生育需求，尽量保留患者的生育能力。如果仅仅是切除了一侧的卵巢和输卵管的话，对侧仍然有卵巢，输卵管仍然可以正常怀孕的，只不过怀孕的几率会稍微的降低。对于卵巢巧克力囊肿有可能不需要切除输卵管和卵巢，仅仅去把囊液吸出，囊皮切掉病灶切除，则不会影响女性的生育。女性仍然在手术后可以正常的生育的，建议夫妻双方如果有备孕计划的话，可以在排卵期前后进行性生活。

潮热、盗汗、骨质疏松、烦躁、失眠、耳鸣、不来月经。卵巢巧克力囊肿是属于最常见的子宫内膜异位症，对于小的巧克力囊肿，可以进行药物保守治疗，但并不能将其治愈。如果巧囊已经超过5厘米，这时保守治疗效果不佳，就只能够考虑行腹腔镜手术将其切除，术后需要肌注曲普瑞林来避免巧囊的复发。由于肌注曲普瑞林是造成女性的假绝经，会抑制女性的下丘脑和垂体以及卵巢功能，因此最常见的副作用，就是会在肌注以后有潮热、盗汗的更年期症状。还可能出现骨质疏松表现，同时有的女性还会有烦躁、失眠、耳鸣症状。在肌注以后，女性暂时不会来月经，所以还可能会出现阴道干涩、性欲下降等副反应，但通常在停药以后，这些副反应表现就会自然消失。

巧克力囊肿可引起痛经、导致不孕，容易恶变，还会导致胚胎畸性，增加流产率。巧克力囊肿易在月经前后出现自发破裂，患者会突然腹痛，类似急腹症。巧克力囊肿会破坏正常卵巢结构，使卵巢发生变化，减少卵子数量，造成生育力下降。也可使机体的免疫系统发生异常，使免疫细胞分泌出破坏卵巢组织的酶类物质，降低卵巢储备。巧克力囊肿极易造成卵巢和输卵管与周围组织的粘连，而且患病时间越长，粘连越严重，导致卵巢无法排卵，输卵管被死死的固定而动弹不得，即便是卵巢排卵后，输卵管也无法起到运输卵子的作用，无法完成受孕，最终导致女性不孕。巧克力囊肿和卵巢子宫内膜样癌，透明细胞癌之间的关系密切，恶变率约为1％。巧克力囊肿常常伴有体内免疫系统的失调，腹腔内细胞会分泌伤害精子的物质，影响精子活性。

巧克力囊肿若明确是子宫内膜异位症导致的，要超声引导下把囊液抽出来，再辅助药物治疗；若为浆液性或粘性囊腺瘤，先将其剥掉，做病理性分析，根据结果对症处理。一、首先看囊肿体积有多大。囊肿直径超过四公分时，应处理。若患者由于不孕症检查到囊肿只有两三个公分时，也应干预。明确是卵巢子宫内膜异位症造成的囊肿，可对囊肿进行抽吸。超声引导下把囊液抽出来，再辅助药物治疗；二、卵巢浆液性或粘性囊腺瘤，里边是咖啡色液体，应把囊肿剥下，进行病理检查。当患者就诊第一次发现卵巢有一个囊肿，高度怀疑是卵巢巧克力囊肿，当直径超过四厘米时，建议患者手术分离，将其剥下来，做病理检查，确认是卵巢子宫内膜异位囊肿后，再进行相应治疗。

巧克力囊肿怎样治？首先我们要明确巧克力囊肿是什么性质的，如果说它已是以前通过手术治疗发现就是一个卵巢子宫内膜异位症。那么现在囊肿不是很大，小于四公分，我们可以通过药物治疗。但如果是初次就诊，第一次发现，那么我们应该建议患者进行手术剥离，把囊肿取出来，明确它的性质，到底是卵巢的子宫内膜异位症，还是浆液性囊腺瘤还是黏性囊腺瘤。一般来讲，卵巢巧克力囊肿它有很高的复发率。那么再次来的时候，当囊肿长到一定程度，可以通过超声引导穿刺，把囊内液抽出来，然后再进行相应的药物治疗。总的来讲，卵巢的巧克力囊肿单纯通过药物治疗是效果非常的差非常的低，那么需要做一些物理的干预。比如说超声引导穿刺抽出囊内液或者是做手术把囊肿剥掉进行病理检查，总的来讲，初次发现巧克力囊肿，建议手术治疗，复发可以考虑囊内穿刺抽液，辅助药物治疗。