目前临床上认为卵巢囊肿对于女性的月经周期会有一定的影响，因为卵巢囊肿本身是由于妇科内分泌失调所引起的，导致的卵巢功能异常从而导致性激素分泌异常。一般小于五厘米的囊肿也称之为黄体囊肿，随着月经周期会恢复正常会自动的消失。如果卵巢囊肿大于五厘米，首先要排除恶性肿瘤的可能性，如果不存在恶变的话，应该尽早的采取药物治疗或者是手术治疗。在临床上可以在医生的指导下选取一些药物来进行治疗，但是如果是卵巢巧克力囊肿则可以考虑手数切除，因为巧克力囊肿会引起进行性痛经，甚至会影响卵巢功能导致不孕症的发生。

卵巢囊肿患者检查项目包括妇科双合诊检查和三合诊检查。辅助检查有超声检查，也可以通过血液的免疫生化学指标来进行进一步的协助诊断。妇科检查，最常用的检查手段是双合诊检查和三合诊检查，妇科医生用一只手放于患者的腹部，另外一只手置于患者的阴道后穹窿部位，或者将另一只手的中指，同时置于直肠内协助检查，将子宫和双侧的附件，置于双手之间，通过双手的触摸、按压来判断卵巢囊肿的性质、部位以及囊肿的活动度、是否有压痛。由于女性腹部脂肪层的厚薄不一，如果腹部较厚，双合诊和三合诊无法很好地触摸清楚，需要借助于超声检查。超声检查对于卵巢囊肿性质的判断相对准确。如果在超声下发现是卵巢附件区的无回声区，一般是良性的卵巢囊肿。如果发现有分隔的无回声区，其内有强回声、光点充满，一般是子宫内膜异位囊肿，也是巧克力囊肿。如果炎性的囊肿，在妇科检查的时候会出现有一侧附件区有增厚以及有压痛的症状，同时还可能伴有发热等临床表现。在血常规的化验上会出现白细胞和中性粒细胞的增高，卵巢子宫内膜异位囊肿，还可能会出现肿瘤标记物的轻度升高。

卵巢囊肿大多数没有明显的临床症状。根据种类不同，症状也会有所不同。第一，生理性的卵巢囊肿，一般在早卵泡期会自行消失。第二，卵巢囊肿还包括卵巢的炎性肿物。这种炎性囊肿表现是下腹的隐痛，伴有发烧等症状。一般经过规范的抗炎治疗后，囊肿也会逐渐消失或缩小。第三，巧克力囊肿与月经周期有关。随着月经来潮巧克力囊肿逐渐长大，有时甚至还会出现囊肿破裂，造成急性的腹痛。第四，子宫内膜异位症如果达到五厘米以上，可采取手术等方式治疗。子宫内膜异位症导致的囊肿是有复发的可能。

恶性卵巢肿瘤早期常常没有症状，晚期主要的症状为腹胀腹部的肿块，腹腔积液也是腹水以及一些其他的消化系统症状。卵巢囊肿的组织成分是非常复杂的，是全身各个脏器原发肿瘤类型最多的器官，不同类型的组织学结构以及生物学的行为都存在很大的差异，卵巢肿瘤的主要的组织学类型包括上皮性肿瘤、生殖细胞肿瘤、性索间质肿瘤以及转移性肿瘤。部分患者可以出现有消瘦、贫血等等的恶液质的表现，功能性卵巢肿瘤往往会出现一些不规则的阴道出血或绝经后出血等等的临床表现。恶性肿瘤，妇科检查时往往可以触及到肿块多为双侧，也是双侧附件区都可以触及肿块，肿块往往成实性或囊实性质地较韧，肿瘤的表面往往是凹凸不平的，活动比较差，常常伴有腹腔积液，在三合诊检查时可以在直肠子宫陷凹处触及有质硬的结节或肿块，有时可以触及上腹部的肿块以及腹股沟腋下或锁骨上肿大的淋巴结。

生理性卵巢囊肿一般2~3个月可消失。生理性卵巢囊肿又称卵巢瘤样病变，主要包括滤泡囊肿和黄体囊肿，是生育期妇女最常见的卵巢瘤样病变，多为单侧。卵巢囊肿壁薄，直径一般小于等于8厘米，观察或口服避孕药物后，2~3个月常可自行消失。若肿块持续存在或增大，则卵巢肿瘤的可能性较大，此时需要进行治疗。一般可选择卵巢肿瘤剥除术，或一侧卵巢切除术，或持续观察三个月，囊肿无增大，可无并发症出现，一般无需处理。若出现并发症，如蒂扭转，破裂，感染或恶变等可能，需要进行手术治疗。手术可选择卵巢囊肿剥除术或一侧卵巢切除术，若囊肿继续增大产生压迫症状，常需进行囊肿剥除手术。