卵巢囊肿在自然界中非常多，不同的囊肿有不同的病因。卵巢上常有生理性囊肿。例如，由排卵引起的卵泡囊肿，或黄体囊肿和黄体化囊肿。这些囊肿通常在月经后消失。卵巢上也有常见的囊肿，子宫内膜异位囊肿，俗称巧克力囊肿。这是由于卵巢子宫内膜异位症引起的。另一种常见的形式是输卵管卵巢囊肿的炎症，它是由炎症引起的。