男性同性恋患者肛门上皮细胞癌的阳性率也高达80%。在女性患者和男性同性恋患者中，具有高致癌性的人类乳头瘤病毒感染更为常见(尤其是HPV-13和HPV-16)，在肛门癌组织中多呈阳性，而肛门周边的皮肤癌很少呈现阳性。肛门癌和疱疹(相对风险4.1)和沙眼衣原体(相对危险度2.3)。