扁桃体炎不是所有的都可以切除，一般急性扁桃体炎，当然不建议手术切除，因为切除手术当中容易出血，而且这种容易导致感染扩散，引起菌血症、败血症，以及远处组织器官的炎症。如果一个病人扁桃体炎反复发作，比如说连续两年每年犯2~3次，急性化脓性扁桃体炎，一般就建议切除。
一方面扁桃体炎反复发作，有可能会引起来肾炎、关节炎、心肌炎这些其它重要器官的严重的不良反应。再一个如果扁桃体反复发炎，有的人扁桃体增生得很厉害，比如两度甚至三度肿大，把呼吸道都堵住了，引起了打鼾，甚至影响说话的声音都会改变，这一类的也可以做扁桃体切除。
扁桃体切除是有指征的，所以如果慢性扁桃体炎急性发作，首先要控制感染，一般控制感染，嗓子不疼了，也不发烧了，炎症完全消退以后，至少2~4周才建议去做扁桃体切除手术。再一个需要顾虑的就是多大的患者才能做手术，因为特别小的孩子扁桃体炎反复发炎，切除的时候担心切除了扁桃体，它毕竟是一个免疫器官，可能对婴幼儿的免疫机制产生影响，所以要慎重。