中医认为肠胃感冒由风、寒、暑、湿等外邪侵袭肌表和消化系统所致，所以治疗当选祛湿、解表、和中等的药物。常用的中成药制剂为正气片。其是在藿香正气方的基础上优化升级而来的，组方中删减大腹皮改用木香，起到增强行气止痛、健脾和胃止泻的作用。并且将组方中生半夏改为制半夏，制半夏不仅去毒，还可降逆止呕。同时，正气片采用“制半夏+生姜”配伍，安全性高，不良反应少。如果感觉呼吸道症状消失，而胃肠症状仍旧明显时，可以适当延长正气片的使用时间，后期也可以加用一些保护胃肠道的药物。
肠胃感冒腹泻次数过多，或者水样便时，可以使用蒙脱石散帮助缓解腹泻症状，并且通过口服或注射等方式补充电解质，预防电解质紊乱。明确细菌或病毒感染后，可在医生指导下选择对症的抗菌或抗病毒治疗。高热、物理降温无效时可以选择布洛芬等退热药物帮助退热，但是退热药与抗生素联用时要遵医嘱服用，切忌私自加大药量或增加用药时间。