在临床上，肛门出血是一种症状，具体如何处理，主要根据引起肛门出血不同的病因，采用不同的治疗方式。在临床上引起肛门出血的疾病，主要包括两大类，第一大类是良性疾病，第二大类是恶性疾病。
在良性疾病中，最常见的是因为内痔或者混合痔所引起的便血。其次是肛裂引起的便后出血。内痔和混合痔确切的发病原因并不清楚，目前临床认为其致病机理是，直肠粘膜下静脉回流障碍所引起的静脉团块，所以表现为出血，以及排便时肿块突出。对于痔疮的治疗，临床上是以保守治疗为主，目的是缓解症状，不求根治，也就是避免进食油腻辛辣刺激性食物，养成良好的定时排便习惯，痔核脱出严重时可以行痔核切除。而对于肛裂引起的出血，一般急性期采用保守治疗，慢性期因为纤维疤痕形成通常需要行肛裂切除，甚至内括约肌切断，而对于恶性疾病也就是结肠癌和直肠癌引起的便血，一般来说需要行结肠癌和直肠癌根治切除手术治疗才能获得治愈。