在临床上，引起肛门出血的原因，按照疾病的性质来说，分为良性疾病与恶性疾病。恶性疾病，主要是见于癌症，包括结肠癌，以及直肠癌。
直肠癌由于位置比较低，一般表现为便后鲜血，或者是排便时有鲜血伴随着粪便一起排出，而结肠癌位置比较高，一般颜色偏深红，甚至暗褐色。
良性疾病引起的肛门出血，在临床上主要包括痔疮肛裂甚至肛瘘，良性疾病引起的肛门出血。在临床上占绝大多数。对于痔疮一般来说，主要是因为进食辛辣油腻性的食物，导致痔核的破裂出血。对于轻中度的，通常采用饮食治疗，可以获得症状缓解，至于必要时手术治疗。而对于肛裂是因为便秘，引起粪便干结损伤直肠肛管粘膜，引起的鲜血。通常只有采用手术治疗，才能获得治愈，急性期可以采用保守治疗。