患者脚趾关节疼痛要针对病因进行治疗，主要治疗方法有热敷，理疗，按摩，药物治疗，必要时还要进行矫形手术。
第一，如是拇外翻引起脚趾关节疼痛，可以采取局部的热敷、理疗，以及在骨突处建议较软的棉垫，以减少局部的摩擦。同时在足的拇指与第二趾之间放占位垫，进行矫形，若非手术治疗无法缓解，必要时可以行手术进行矫形术。
第二，脚趾关节疼痛如是由于痛风造成痛风性关节炎所引起。首先要进行非甾体的抗炎镇痛药物应用。同时嘱患者多饮水，采取降尿酸等的药物应用。
第三，脚趾关节疼痛都是由于退行性关节炎等造成，要嘱患者避免负重及长期的劳损，同时可以采取非甾体的抗炎、镇痛药物应用，以及营养关节软骨的药物应用等进行治疗。脚趾关节痛，若是由于炎症性疾病，如类风湿性关节炎等所引起。可采取非甾体的抗炎镇痛药物应用，同时采取慢作用的抗风湿药物应用进行治疗。