消化不良原因有幽门螺杆菌的感染、感染性、饮食、遗传相关等因素。
一、幽门螺杆菌的感染，幽门螺杆菌是1983年澳大利亚学者马歇尔发现的，目前认为消化道尤其是胃内的疾病是密切的一个相关性，好多患者如果是诊断为消化不良，如果是幽门螺杆菌阳性，可以尝试着给患者做幽门螺杆菌的根除治疗，可能患者会出现腹痛、腹胀、消化不良这些症状的一些缓解。
二、饮食相关的因素，比如说有些患者可能会有一些存在的豆类、肉类、蛋类或者是一些食物相关性的这些因素，如果能够进行食物的过敏原的检测，患者在进食这些食物，出现腹痛不适，那可以让患者先把这些食物先停掉，
三、感染性的因素，有的患者出现一次胃肠道感染之后，比如说到了饮水或者是饮食不太方便的地方，进餐之后出现了一次胃肠道感染，以后可能好多患者都会遗留下腹痛、腹胀不适症状，
四、遗传背景相关的一些因素，比如说有一些人群，比如说，父母有一些特别的这些症状，那有可能孩子身上，也会出现类似的症状，但是这些遗传背景，到底是位于哪个染色体，那个基因靶向上目前没有一个定论。