功能性胃肠病的原因有胃肠动力异常障碍，精神因素，社会环境因素等。
功能性胃肠病有很多种表现，上消化道的主要表现有上腹不适、疼痛、腹胀、呃逆、恶心、呕吐等；下消化道的症状，如腹部不适、排便不畅、便秘、腹泻、排气增多。功能性胃肠病也叫胃肠功能紊乱，或者胃肠神经官能症，是一组胃肠综合症的总称，以胃肠道运动功能紊乱为主，必须经检查排除器质性病因后才能诊断。
胃肠动力异常障碍：应首先到医院排除器质性病变，尤其要排除幽门螺杆菌感染引起的疾病。精神因素：肠道疾病可引发肠脑轴变化，继而引起脑神经内分泌异常，导致失眠、易怒、精神异常，及肠道的菌群失调；社会环境因素：饮食不规律、压力大、情志失调等都可造成功能性胃肠疾病。功能性胃肠病的治疗，一般是对症治疗，比如消化不良的情况，一般给予促进胃肠蠕动的药物，比如莫沙比利、伊托必利，如果有反酸的症状，嗳气的症状可以给予质子泵抑制剂，比如奥美拉唑、兰索拉唑等等，肠易激综合征就是给予调整胃肠道的，加上纠正肠道菌群、失调的药物，在这些药物的基础上，如果伴有情绪方面的改变，一般会加用一些调节情绪类的药物，从而使疾病能够得到更好的治疗。