一般肛瘘的保守治疗现在很少用，因为90%的人都主张肛瘘做手术。
如果有病人特殊情况，比方说有白血病、血色素很低、岁数非常的大，甚至于有脑梗的病人，实在不能做手术了，首先要用消炎的药，用一些外用的抗炎的药膏，然后用一些痔疮栓，最好还要用一些中药的泡洗，争取让瘘管不再去感染。但是如果说保守治疗用了药了以后，肛瘘的瘘管完全好了是不可能的，只能减轻症状。待机体抵抗力增强了，比方说血液病基本上控制了、岁数大的人体力能够支持了，建议最好还是要做一个很简单的肛瘘的瘘管切开根治术，这样患者以后就不会再受到肛瘘的每次流血、流脓的危害。但是个别的病人，确实不能够承担手术的，可以先用一些消炎的、清热解毒的，甚至于用一些中药的泡洗，能够减轻症状，但是不能够根治，要是抵抗力强，能够有条件的，最好以手术为佳。