对于小的肾结石五到六毫米以下的结石，或者经皮肾镜、输尿管软镜手术后残留的结石，可以通过多运动、多饮水、口服药物治疗。
如果结石成分是尿酸结石或者胱氨酸结石，可以通过聚氨酸、氢钾钠等药物溶石治疗的方法，部分患者可以使结石变小，促进结石的排出。
对于特殊部位的小结石，如肾脏下盏的结石，需要经常变换体位，如头低，脚高位并用双手叩击肾区，促进结石的排出，也可以通过体外物理排石机，让患者躺在机器上，通过积极的运动震动促进结石的排出。
对于通过保守排斥治疗后仍未排出的结石，小于两厘米的结石，可以通过体外冲击波碎石，将结石粉碎后，通过多饮水、多运动，可以将结石排出，也可以通过输尿管软镜进行碎石，可以将结石达到粉末化的状态，手术之后这些结石可以自行排除。
当这些方法都治疗失败的时候，我们可以选择经皮肾镜手术治疗。那么对于大于两厘米的结石，鹿角状的结石，我们首选还是一个经皮肾镜的手术。通过在肾脏上建立一个通道，然后利用经皮肾镜，利用激光等能量平台把结石碎掉之后，用生理盐水把结石冲出体外，但是这种方法可能会造成肾脏的出血，有一定的手术的风险。一旦这种较重的出血可能会影响患者的生命，此外还可以通过腹腔镜做这种切开取石或者开放手术。