治疗输卵管堵塞一般分为近端输卵管堵塞治疗、中段输卵管堵塞治疗、远端输卵管堵塞治疗等。
近端输卵管堵塞占女性输卵管疾病的少部分，近端输卵管堵塞的复通可采用宫腔镜下COOK导丝复通术或输卵管部分切除再吻合术。宫腔镜下导丝复通是通过宫腔镜下将COOK导丝插入输卵管间质部进行输卵管通液，通过导丝套管的分离、扩张作用及液体的冲击作用复通输卵管的间质部及峡部。手术操作简单，但费用较贵，大多数的近端输卵管堵塞治疗可以通过近端导丝疏通得到解决，但术后妊娠率报道差异较大，可出现宫外孕。不能进行导丝复通的患者，可以寻找梗阻部位进行输卵管部分切除吻合术。
中段输卵管堵塞是指输卵管中间部位阻塞或缺失性改变，引起疾病的原因为输卵管妊娠与输卵管绝育，输卵管吻合术是中段输卵管堵塞治疗的常用手术方法，是在腹腔镜下切除输卵管阻塞部分并吻合输卵管两断端。
远端输卵管堵塞占输卵管性不孕的比例较大。远端输卵管堵塞的病因是盆腔炎和腹膜炎及先前的盆腹腔手术史。治疗方法有输卵管造口术、输卵管伞成形术、输卵管切除术、附件周围的粘连的处理等方面。