在一般情况下巧克力囊肿的患者是可以怀孕的，但是如果巧克力囊肿不大，没有影响到卵巢的正常功能，这个卵巢是可以正常排卵的。在这种情况下女性的怀孕一般是不会受到影响，所以巧克力囊肿的患者是可以怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，而且影响了卵巢的功能，从而引起卵巢不能正常排卵，而且巧克力囊肿引起的盆腔粘连、输卵管不通、输卵管梗阻，这种情况下是容易引起女性不孕的发生。所以巧克力囊肿的女性能不能怀孕，需要结合患者的具体情况来决定的。建议有巧克力囊肿的女性，应该尽早的去医院进行治疗，必要时可以进行手术把巧克力囊肿切除掉然后再进行怀孕。

一般在临床上巧克力囊肿不会是急性的，因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，这时具有生长功能的以子宫内膜移位在了卵巢里面，每个月月经来潮时，卵巢受激素水平的刺激也会存在内膜出血，从而长期形成囊肿，里面的液体，慢慢形成巧克力样的液体。所以我们在临床上称之为巧克力囊肿，这是由于子宫内膜异位病灶所引起的，这种病灶往往会破坏正常的卵巢组织，从而引发炎症。而且当卵巢巧克力囊肿长到一定程度时，也有可能会发生破裂，或者是受到撞击时也会发生破裂，从而引起盆腔出血、感染，造成患者出现急性的腹部疼痛。

卵巢巧克力囊肿的患者在临床上，由于囊肿较小有一部分女性是没有任何症状的，仅仅是通过妇科彩超来发现盆腔的肿块，有经验的医生通过超声就能判断出巧克力囊肿。有一部分人会出现月经前的腹痛，甚至经期的腹痛，这种疼痛的程度有轻有重，轻者仅类似正常的痛经，下腹部坠胀不适，严重者甚至可以影响工作生活，甚至出现恶心呕吐的情况；还有一部分患者随着卵巢囊肿的增大，有可能会影响女性的月经，造成月经的提前，经期的延长等等，一部分女性会影响女性的怀孕功能，限制导致不孕症的发生。

巧克力囊肿治疗方法有手术治疗、药物治疗、放置宫内节育器等，主要是根据患者的年龄、生育要求的综合评估。1、对无生育要求，年龄45岁左右、症状重、病灶累及重要脏器或多种治疗无效者，建议行全子宫双附件切除术根治。双侧卵巢切除后，没有激素的支持，异位的病灶会萎缩退化消失。2、对于年轻要求生育的患者和不孕症患者经全面检查排除其不孕因素，首先应该尽早在腹腔镜下明确诊断，分离盆腔粘连，去除肉眼可见的病灶，恢复正常的解剖结构。保留子宫和卵巢。手术可以明确诊断，排除恶性肿瘤，缓解疼痛，改善生活质量，能显着提高轻度内异症的自然妊娠率。然后药物抑制内异症的残余病灶，改善盆腔的免疫环境，抑制雌激素水平。最后，建议中重度患者尽早积极采用辅助生殖技术助孕。不应长期期待或药物治疗。3、对无生育要求较年轻的患者可以选择腹腔镜手术去除病灶，保留卵巢和子宫，宫内放置曼月乐的方法，曼月乐是一种含有孕激素的宫内节育器，即可以避孕，又可以缓解痛经和月经过多的症状，预防内异症复发。如果没有口服避孕药禁忌症的患者也可以长期服用避孕药。

巧克力囊肿手术治疗是首选。药物治疗主要达到卵巢抑制目的，或“假孕”和“假绝经”。目前常用药物是孕激素、内美通和促性腺激素释放激素激动剂等。促性腺激素释放激素激动剂作用机制是通过下调垂体促性腺激素分泌，抑制卵巢释放雌、孕激素，造成体内低雌激素状态，起到暂时性药物“去势”作用，使异位内膜萎缩达到治疗目的。研究证明促性腺激素释放激素激动剂有效且安全，主要副反应是低雌激素状态引起更年期症状，如潮热、出汗、阴道干涩、烦躁、抑郁及骨质丟失、关节痛等。为改善用药者症状，需同时补充少量雌激素，即“反向添加”治疗，目的改善低雌激素状态的同时，不促进内异症病灶复发。“反向添加”除可明显改善症状外，骨密度下降也会减少。对内异症引起疼痛治疗办法最多，但特效药不多，治疗效果不理想。可首选非甾体类消炎药，如布洛芬等。若没有生育要求，可放置曼月乐治疗。