肝内胆管结石大部分患者不需要治疗，可以密切观察也可以用药物溶解和排石以及进行手术部分切除。
胆管结石分为肝内胆管结石和肝外胆管结石。肝内胆管结石的分支比较细，称之为在三级胆管以上的胆管结石，为肝内胆管结石。如果肝内胆管结石的范围比较广泛，涉及到整个肝段都有肝内胆管结石，引起了肝脏的萎缩，反复的炎症刺激，这个时候这部分肝内胆管结石，就需要做肝脏的部分切除。手术要切到肝脏，所以创伤还是比较大的，有严格的手术适应症。一个就是肝脏有萎缩，第二个有明显的症状，上腹的疼痛，胆管炎的表现，才会做肝脏的部分切除。
大部分的肝内胆管结石的没有症状，可以密切观察。肝外胆管结石又分两大类，有类的结石比较细小，泥沙样的结晶体。这个时候可以用药物来促进胆汁的排泄，通过调节胆汁的理化性质，提高胆盐的溶解度，来减轻肝内肝外胆管结石的形成，这部分细小的石头可以通过药物来排泄进入十二指肠，这个时候也能很好地控制肝外胆管结石。另外还有一部分肝外胆管结石石头比较大，已经不可能通过药物来溶解和排石了，而且还会引起胆道的梗阻，这个时候就需要手术处理，手术从腹腔镜下胆道探查胆管切开取石T管引流术，也可以做十二指肠镜下的乳头切开取石术，两种方式取决于胆结石的位置，肝外胆管堵塞的程度，选取不同的方法都是微创的方法，患者术后都能得到比较好的恢复，因此不用过于担心。