儿童咳嗽不同的原因用不同的药物治疗，药物治疗包括祛痰类药物、抗组织胺类的药物、抗生素、平喘抗炎类药物、消化系统的药物、镇咳类药物。
一、祛痰类药物，如慢性咳嗽，伴有痰，应该以祛痰为主，不应该单纯的止咳，以免加重或导致呼吸道阻塞，可以考虑用中药的祛痰剂或者是用盐酸氨溴索。
二、抗组织胺类的药物。
三、如果有明确的细菌感染或支原体的感染，可考虑运用抗生素、大环内酯类药物，比如说红霉素、阿奇霉素、克拉霉素。
四、平喘抗炎类药物，包括糖皮质激素、β受体激动剂，对于症状严重者可考虑短期吸入或口服糖皮质激素。
五、消化系统的药物，可以用促进胃动力的药物。
六、镇咳类药物，慢性咳嗽，如果未明确病因前一般不主张镇咳类药物。
非药物治疗：要注意去除诱因，避免诱发或加重咳嗽的因素，避免接触过敏源、烟雾的因素。鼻窦炎可以进行鼻腔清洗，选用减轻血管充血的药物，改变食物性状。对心源性咳嗽的，要给予心理的疗法，以及接种疫苗预防呼吸道感染治疗。