食管溃疡首先需停用易引起食道溃疡的药物，对于引起真菌性食管炎的抗生素、激素等药物也需停止，要戒烟戒酒，还要根据具体情况选择治疗。
如果溃疡面积比较大或怀疑是恶性溃疡，首先需取病理，明确诊断，然后首选手术治疗。在药物治疗方面，需在医生的指导下采用保护食道黏膜，促进食道溃疡愈合的一些药物，同时要加上促进食道蠕动以及抑制胃酸的药物，包括奥美拉唑、铝碳酸镁、磷酸铝凝胶、多潘立酮等药物。
如果这些药物的治疗效果不好，要在胃镜下做活检，根据组织活检结果，如果是恶性溃疡，需进行外科手术治疗。
除了内科和外科治疗以外，平时的生活饮食方面也需注意，避免饮食生冷、刺激食物，包括辛辣、油炸、油腻等不易消化的东西，以及浓茶、咖啡都要尽量避免。如果怀疑患有食道溃疡，要及时完善胃镜检查，及时治疗，才能有好的治疗效果。