临床上肛门脓肿是肛肠科少数仅见的急症，发病比较急，往往1-2天肿痛就很重，累及范围会逐渐增大，甚至出现发烧、行动不便这种情况。
出现肛周脓肿必须及时治疗，一般情况下脓肿超过2天以上有发烧的，往往就已经化脓了。是由于肛管齿线位肛隐窝区域肛腺的感染造成的化脓的肛周脓肿，临床上必须及时手术。手术分两个方面，早期可以做切开、引流，这是一部分医生的观点。现阶段肛周脓肿进行手术的治疗，往往采取一次性切开治疗，就是大家常说的一次性肛周脓肿根治术，包括切开、排脓，用探针探查隐窝区的内口。根据脓肿累及的范围、深浅，是否跨越肛门括约肌，顺着肛管直肠环，低位的、比较表浅的直接切开，引流通畅的情况下，就完善，没问题了。
比较高位的严重的脓肿，以切开引流为主，隐窝区、内口区域的处理，以挂线为主。脓肿累及范围越大，其他的位置，脓腔间可以做皮条的对口引流，这种情况下往往脓肿能够一期愈合。如果单纯切开引流，往往3个月以后会形成肛瘘，还会要到肛肠科进行二次手术。