卵巢囊肿治疗方法主要包含观察法，主要适合生理性囊肿以及较小的良性囊肿；药物治疗，主要针对炎症性囊肿、子宫内膜异位囊肿；手术治疗，主要针对较大或有症状、确定为恶性病变的囊肿。一、观察，主要是用于生理性囊肿，经过一段时间观察后，可能消失。对于良性囊肿，若体积比较小，没有明显症状，且影像学检查或肿瘤标志物检查，总体判断是良性，也可进行观察；二、药物治疗，主要是针对炎症性囊肿、子宫内膜异位囊肿。炎症性囊肿主要用抗生素消炎治疗，炎症性囊肿经过消炎治疗之后，经过一段时间观察有可能消失。子宫内膜异位囊肿即巧克力囊肿，通过药物治疗，如口服避孕药、孕激素治疗，可能延缓囊肿生长。若进行GnRHa打针治疗，可能会促使囊肿缩小；三、手术治疗，主要针对比较大的囊肿或有症状的囊肿，怀疑恶变或已经有明确证据表明是恶性囊肿，需要手术治疗。

卵巢囊肿并没有最佳的治疗方法。治疗方法需要根据囊肿的性质、大小以及对患者造成的影响决定。卵巢生理性囊肿一般是不需要进行治疗。卵巢子宫内膜异位症导致的巧克力囊肿的治疗方法很有多，包括药物性治疗和穿刺等等，保守治疗的方法，比如非甾体类抗炎药、口服避孕药、孕激素受体拮抗剂等等，包括假孕疗法、假绝经疗法等。卵巢囊肿的剥除术是较为彻底的治疗方法，但术后仍有复发的可能。手术治疗最适合性质不能明确的卵巢肿物，不仅可以明确肿瘤的病理性质，同时可以根据病理结果进行彻底的治疗。

卵巢囊肿能生育。卵巢囊肿并不影响生育。这是由于卵巢囊肿在子宫旁边对子宫没有多大影响。女性可以正常排卵。如果一侧卵巢囊肿，另外一侧好的卵巢仍有卵泡发育及排卵产生。仍然可以怀孕，怀孕以后胚胎在子宫里面着床生长。如果囊肿比较小，对胚胎发育没有影响。有的人怀孕以后卵巢囊肿可能继续增大，当长到5公分以上，这时有手术指证。如果怀孕3个月以上，也可以做手术切除掉。如果长的速度较慢，可以继续妊娠。分娩时，由于在卵巢，不会影响女性子宫颈口开放、胎儿胎头下降。正常情况下患者可通过顺产娩出胎儿。

生理性卵巢囊肿一般2~3个月可消失。生理性卵巢囊肿又称卵巢瘤样病变，主要包括滤泡囊肿和黄体囊肿，是生育期妇女最常见的卵巢瘤样病变，多为单侧。卵巢囊肿壁薄，直径一般小于等于8厘米，观察或口服避孕药物后，2~3个月常可自行消失。若肿块持续存在或增大，则卵巢肿瘤的可能性较大，此时需要进行治疗。一般可选择卵巢肿瘤剥除术，或一侧卵巢切除术，或持续观察三个月，囊肿无增大，可无并发症出现，一般无需处理。若出现并发症，如蒂扭转，破裂，感染或恶变等可能，需要进行手术治疗。手术可选择卵巢囊肿剥除术或一侧卵巢切除术，若囊肿继续增大产生压迫症状，常需进行囊肿剥除手术。

卵巢囊肿患者可能会出现卵巢囊肿蒂扭转、卵巢囊肿破裂、感染、卵巢囊肿恶变等并发症。卵巢囊肿最常见并发症是卵巢囊肿的蒂扭转。由于重心不稳，质地不均匀，在女性体位发生改变时引起扭转现象。另一个比较常见并发症是卵巢囊肿的破裂，较少见的是卵巢囊肿破裂引起感染，还有卵巢囊肿的恶变。