肛瘘通过症状和体征及实验室检查来确诊。肛瘘的典型临床表现是瘘口处反复流出少量的浓液污染内裤，有时瘘口处排出的分泌物会刺激肛周皮肤引起潮瘙痒、潮湿。如果持续时间长会形成湿疹。通过外科检查可以看出外口乳头状的突起，或者是肉芽组织突起，压迫时有少量的浓液流出。直肠指诊可发现肛门周围有单个或多个外口呈乳头状突起。直肠指检内口处轻压痛可触及硬结及条索样的瘘管。通过肛管超声可发现瘘管的位置及部位，确定肛瘘的诊断及是否属于高危复杂性。

肛瘘手术后需要注意换药，避免感染，清淡饮食，多吃流质食物，增加营养物质。肛瘘手术后还需要注意如下内容：一、要注意观察肛门的伤口是否有渗血。如有出血需要及时的告诉医生，采取有效的止血措施。二、刚做完手术以后会有疼痛。如果是疼痛能耐受，可以不予处理。假如疼痛剧烈需要汇报医生，进行止痛镇痛处理。三、肛瘘手术后，饮食方面要注意合理搭配，要尽量多吃流质食物。同时对于术后的伤口愈合需要增加营养物质，如牛肉、猪肉、瘦肉，以及牛奶、鸡蛋等的搭配，来促进伤口的快速愈合。四、注意休息，充分的休息可以有助于伤口的恢复。五、肛瘘手术以后要注意换药，换药可以避免少数感染。同时利于找到伤口愈合的肉芽生长，促进伤口愈合。

肛瘘患者可以进行手术根治术，要可以保守治疗。一般肛瘘治疗方法主张95%以上最好做手术根治术，除非病人确实有身体的疾患，不如有白血病、血液病、血色素很低，无法承担手术。甚至于有的人岁数太大，瘫在床上，这样的人可以用保守治疗。95%以上的患者最好进行微创的肛瘘根治术。手术非常简单，主要把瘘管切开、引流通畅，手术后要去医院进行换药治疗。肛瘘的手术仅仅是成功了一半，剩下的一半需要每次换药治疗，肛瘘的换药与普通的腹部伤口换药治疗是不一样的，换药每次都要清洗肛管，让肛管没有脓性分泌物。所以肛瘘的病人做完手术以后一定要去医院进行换药治疗。肛瘘的手术根治治疗是一种微创的小手术，争取一次根治，但是如果肛瘘的位置很高，有高位的肛瘘，也就只有挂线进行二次，甚至于三次治疗。

肛瘘手术大概20天到30天左右可以恢复，也是因人而异的。注意术后要在医生的指导下合理的饮食，少吃辛辣的食物，不能便秘，也不能拉肚子，经常拉肚子伤口就会很脏，如果便秘，排便用力过度，可能导致血管破裂，术后伤口会出血。换药也是非常重要的，一般要隔两三天到做手术的医院去换药治疗，最好是医生换药，以便了解瘘管、瘘道形成的有多深，手术的范围有多大。要休息一周左右，因为做完手术可能要长期坐着或站着工作，伤口就会有点不适。有的人觉着伤口很疼痛，影响恢复的时间。肛瘘的恢复期在15天到20天左右，这也是因人而异的。有的人伤口创面很大，恢复的时间可能很慢。有的人伤口创面很小，是很简单的低位肛瘘，有可能一周就恢复了。还要看自己的工作时间的长短，休息时间的长短。

肛瘘的治疗一般以手术治疗为主，也有一部分肛瘘，发作以后自愈。也有一些药物治疗。药物治疗，包括口服一些药物，可以清热、利湿、解毒，对一些时间比较长的这些瘘管，可能在局部，可以通过一些药线药捻的局部换药处理。多数情况下，都需要通过手术的治疗来治愈。肛瘘是一个手术治疗的疾病，其他的方法是一些辅助的方法。但是肛瘘的手术，手术方法也很多，主要的一个是要正确地寻找它的管道和它的内口。因为肛瘘都有内口，如果找的不准确或者处理的不恰当，就会是创面不能愈合，或是瘘管会再反复发作，要正确地寻找和正确的处理它的内口，避免一些不好的情况发生。除此之外，要注意保留肛门括约肌的功能。因为瘘管往往都要穿过括约肌。如果损伤括约肌过多，尤其外括肌的深部和耻骨直肠肌，也就所谓肛管直肠环这一部分，如果处理不当，会造成肛门失禁的情况，所以临床上要注意两点，正确的找到和处理它的内口，要正确地保留肛门括约肌的功能。除了这个手术以外，术后处理不当，也可能造成治疗的失败，也造成一些假性的愈合，所以在临床上术后的换药处理也很关键。