宝宝慢性腹泻的治疗方法有多种，首先需要使用对症治疗，其中包括预防脱水和平衡营养，出现脱水的情况就要补充液体。除此之外，还可以使用中医疗法，其中包括中医推拿和中药敷贴，在治疗的过程中需要做好护理工作，维持自身的营养，一旦出现不良反应，就要及时纠正。

出现慢性腹泻后可以吃磺胺类药物，该类药物有很好的止泻疗效，不过服药时最好遵听医嘱。如果腹泻情况比较严重，则可以应用吸附性止泻药。另外，因细菌、真菌引起的慢性腹泻，可服用抗生素来抑菌杀菌，达到治疗目的。而中药上可以服用人参健脾丸、六君子丸、附子理中丸等中成药来治疗慢性腹泻。

导致小儿发生慢性腹泻的原因主要是因为肠道菌群失衡，因为新生儿菌群尚未形成，如果在受到细菌、病菌和真菌等多种致病菌感染后，滥用抗生素的话，就容易引起慢性腹泻。另外，长期营养不良、乳糖不耐受和喂养不当的话，也容易造成小儿出现慢性腹泻的情况。

导致慢性腹泻的原因之一就是消化系统疾病，比较常见的有肠道感染性疾病、肠道非感染性疾病，也包括肝胆胰腺类疾病。甲状腺功能亢进症、慢性肾上腺皮质功能减退等内分泌代谢性疾病也容易引发慢性腹泻，另外，慢性腹泻的发病和某些免疫性疾病也有关系。

慢性腹泻会引发的并发症之一就是感染，除了一般的感染之外，还包括真菌感染，甚至是全身性的真菌病。再就是会出现营养不良以及维生素缺乏症，这也是慢性腹泻常见的并发症之一。除此以外，慢性腹泻的并发症还包括病毒性心肌炎以及中毒性肝炎。