大部分脑炎都是病毒感染引起的，有多种类型病毒就会引起脑炎，例如乙脑是由感染乙型脑炎病毒的蚊子叮咬引起。还有一种是单纯疱疹病毒，与引起唇疱疹和生殖器疱疹的病毒是同一种病毒，会长期潜伏在神经节中，当机体的免疫力低下，病毒再度活化，经三叉神经进入脑内，引起颅内感染，感染疱疹病毒的母亲也可以将病毒传染给婴儿。有一部分脑炎是由细菌感染引起，还有可能是由于寄生虫引起，如引起弓形虫病的寄生虫。还有的是由结核感染引起，如结核性脑膜炎，结核性脑膜炎大部分会单独发病，有的不一定合并有肺结核。