梅毒的第三阶段会影响除皮肤以外的全身所有器官系统，最常见的是神经系统，运动系统和心血管系统。在皮肤上，主要表现为牙龈肿胀，皮肤可形成溃疡，分泌物相对粘稠。如果梅毒侵入骨骼，则会引起骨骼破坏，例如鼻骨塌陷和硬腭穿孔。心血管系统受到侵犯，则可能会发生胸主动脉瘤和腹​​主动脉瘤。神经系统受到侵犯，则会出现神经精神症状，例如情绪障碍，癫痫病等。还可出现例如颅内压增高，头痛和局部脑压症状，例如感觉异常。