疾病的原因非常复杂。到现在为止有许多疾病的病因尚不清楚，只有相关的危险因素是已知的，例如，心肌梗死的具体原因不明，但吸烟是心肌梗死的独立危险因素。有些疾病的病因很清楚，如肝炎。肝硬化是由乙型肝炎病毒或丙型肝炎病毒感染引起的。上消化道也有穿孔，主要是由溃疡引起的，有些是肿瘤穿孔。当然，疾病的病因非常复杂，有些疾病可能与自身免疫和遗传因素有关。