远端肾小管酸中毒的机制主要是远端肾小管酸化的功能障碍，在肾小管的内腔液和肾小管周液之间没有高氢离子梯度。会出现肾小球细胞氢泵衰竭以及分泌缺陷性酸化功能障碍，可能是肺纤维化以及系统性红斑狼疮等造成的。由家族性或原发性甲状旁腺功能亢进引起的肾钙化功能障碍也是肾小管远端酸中毒的可能原因。