普遍认为自闭症的原因是脑功能和神经系统发育的障碍。关于障碍物出现的位置尚无明确结论。许多学者认为，自闭症是由多种因素引起的，是一种具有多种基因的复杂疾病，是一种在具有特定环境因素作用的遗传个体中发生的疾病。一些研究发现，脑电活动、脑电图类型、氨基酸代谢等均与自闭症的发生有关。