纤维囊壁内衬分层鳞状上皮，部分内衬上皮可能含有粘液细胞或成纤维细胞。囊性液体是琥珀，含有胆固醇晶体和脱落的上皮细胞。在替牙期，恒牙基本形成即将萌出时形成的含牙囊肿也称为萌出囊肿。萌出囊肿的发生与病理表现和含牙囊肿相似，所不同者是囊肿在软组织内而使牙齿萌出受阻。