心房颤动发生时，心房的有序电活动丧失，心房的有效收缩功能也消失。此时，心房中的血流正在旋转，当心房纤维性颤动持续超过48小时时，心房中可能发生血栓。血栓脱落时，会随着动脉血流而流动，并在此处停止，这可能导致相应部位的血管堵塞，如脑栓塞、下肢动脉栓塞、肠系膜动脉栓塞等。在这些栓塞事件中，最常见的是脑栓塞，即中风。