病原体感染引起的生殖道的炎症，可以吞噬精子，较常见的滴虫感染就是如此，当感染后阴道上皮内糖原被消耗，阻碍了乳酸合成，破坏阴道酸碱度，局部抵抗力下降产生滴虫性阴道炎。其他还有白色念珠菌感染，会引起真菌性阴道炎，改变阴道内环境，带下增多且带下中含有大量白细胞，而白细胞又可吞噬精子，白色念珠菌还有凝集精子的作用，多方面的影响而致不孕。