对于卵巢囊肿的后遗症，主要是由于手术后导致的后遗症，出现卵巢囊肿手术后，如果手术过程中没有保护好卵巢的功能，会发生卵巢功能受损，从而影响女性的月经，而且手术后容易造成盆腔的粘连。患者会出现性生活后，腹部出现疼痛，严重者会影响女性的性生活的质量，而且术后也容易发生肠粘连，这种疾病的几率会更高一些，所以一般建议做完子宫内膜异位症，卵巢囊肿手术的患者一定避免过早进食，一定要等到排气后才慢慢的进一些流质或者半流质的食物，这样就不会容易发生肠粘连，而且要积极配合医生进行治疗，适当的下地活动，有助于帮助肠道的蠕动。

巧克力囊肿手术后是否影响生育，需要了解清楚手术的过程，如果患者没有生育过，临床医生一般会考虑患者有生育需求，尽量保留患者的生育能力。如果仅仅是切除了一侧的卵巢和输卵管的话，对侧仍然有卵巢，输卵管仍然可以正常怀孕的，只不过怀孕的几率会稍微的降低。对于卵巢巧克力囊肿有可能不需要切除输卵管和卵巢，仅仅去把囊液吸出，囊皮切掉病灶切除，则不会影响女性的生育。女性仍然在手术后可以正常的生育的，建议夫妻双方如果有备孕计划的话，可以在排卵期前后进行性生活。

巧克力囊肿的主要症状为疼痛、盆腔包块和不孕。疼痛主要表现为痛经，月经来潮前或者月经前后下腹部为主的疼痛。疼痛可能与月经周期有关系，也可能与月经周期无关，时轻时重。此外，还可引起深部性交痛。有时会引起进行性痛经。巧克力囊肿是引起不孕的常见原因，在不孕患者中，50%的病因与巧克力囊肿有关系。子宫内膜异位症引起不孕的原因很多，可能是卵巢功能本身的问题，或者腹腔微环境的问题。巧克力囊肿形成病灶以后，由于每月一次的反复病灶出血，巧克力囊肿会逐渐长大。长大的过程中，如果张力过大，囊肿就会破裂。如果内容物较多或者较大，就会导致急性的剧烈腹痛；如果囊肿很小或者破口很小，破口可以自然闭合，但流出去的囊内液会导致囊肿与周围器官粘连。巧克力囊肿破裂会引起急性下腹痛，这种情况需要急诊手术治疗。

巧克力囊肿的患者可以怀孕，由于巧克力囊肿的异位病灶，对卵巢的破坏比较大，影响到卵巢的排卵，患者受孕比较困难。患者的症状较轻微，有自然受孕的几率要及早的受孕。试孕半年以上不能够正常的受孕，患者要根据彩超、CT以及妇科检查等各种情况，在排除其他原因导致的不能怀孕的情况下，选择进行手术或药物治疗。患者选择手术治疗巧克力囊肿，一般术后要配合药物治疗3个月，治疗之后患者要尽早的怀孕。巧克力囊肿容易复发，而且反复的手术对卵巢的破坏比较大，不利于患者的受孕。如果经过治疗之后不能正常的受孕，建议患者可以选择辅助生殖技术。

巧克力囊肿若明确是子宫内膜异位症导致的，要超声引导下把囊液抽出来，再辅助药物治疗；若为浆液性或粘性囊腺瘤，先将其剥掉，做病理性分析，根据结果对症处理。一、首先看囊肿体积有多大。囊肿直径超过四公分时，应处理。若患者由于不孕症检查到囊肿只有两三个公分时，也应干预。明确是卵巢子宫内膜异位症造成的囊肿，可对囊肿进行抽吸。超声引导下把囊液抽出来，再辅助药物治疗；二、卵巢浆液性或粘性囊腺瘤，里边是咖啡色液体，应把囊肿剥下，进行病理检查。当患者就诊第一次发现卵巢有一个囊肿，高度怀疑是卵巢巧克力囊肿，当直径超过四厘米时，建议患者手术分离，将其剥下来，做病理检查，确认是卵巢子宫内膜异位囊肿后，再进行相应治疗。