巧克力囊肿在手术后有复发的可能性的，因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，它是指具有生长功能的子宫内膜移位到了卵巢上，从而形成卵巢巧克力囊肿，这种疾病手术后的复发率是比较高的，一般在百分之五十左右，所以临床上为了降低巧克力囊肿术后的复发率，在术中要处理是比较关键的。如果囊肿与周围组织有致密的粘连，以及与肠管、输尿管有致密的粘连，在此时应该尽量的彻底清除病灶，以及与之相连的粘连带，必要时需要请其他科室的医生共同完成手术，而且一定要注意在术后要应用GNRHA类的药物，或者是地诺孕素等等来进一步的降低手术后的复发几率。

卵巢巧克力囊肿是有癌变可能的。卵巢巧克力囊肿是具有生长功能的子宫内膜、腺体和间质长到了子宫卵巢上所以形成的，对于卵巢巧克力囊肿他的恶变可能性是比较低的但也是存在的。临床上有一些情况需要警惕卵巢巧克力囊肿恶变的可能，首先卵巢巧克力囊肿直径比较大大于十厘米，那么考虑有恶变的可能。其次卵巢巧克力囊肿的患者抽血检查，血清c125的水平大约二百单位每毫升，这时也是有癌变可能的。如果长期存在的卵巢巧克力囊肿，影像学提示有恶变的可能性，这种情况下建议应该尽早的尽快的进行手术治疗以防止恶变。

卵巢巧克力囊肿的患者在临床上，由于囊肿较小有一部分女性是没有任何症状的，仅仅是通过妇科彩超来发现盆腔的肿块，有经验的医生通过超声就能判断出巧克力囊肿。有一部分人会出现月经前的腹痛，甚至经期的腹痛，这种疼痛的程度有轻有重，轻者仅类似正常的痛经，下腹部坠胀不适，严重者甚至可以影响工作生活，甚至出现恶心呕吐的情况；还有一部分患者随着卵巢囊肿的增大，有可能会影响女性的月经，造成月经的提前，经期的延长等等，一部分女性会影响女性的怀孕功能，限制导致不孕症的发生。

巧克力囊肿在手术后，临床上由于起病的性质，复发率是比较高的，一旦出现复发的情况，建议要结合患者的年龄、病情、临床症状等综合性的来进行分析，在给予相应的处理。如果复发的巧克力囊肿不大的情况下，患者没有生育要求，可以放置宫内节育器比如曼月乐环，因为曼月乐环是一种高效孕激素的节育环，能够持续的释放孕激素，从而达到抑制子宫内膜生长的目的，也就抑制了子宫内膜移位病灶使其萎缩，从而达到治疗疾病的目的。巧克力囊肿也不会在临床上继续的增大，但是曼月乐环的有效性一般在五年，需要五年左右更换一次曼月乐环，直至女性绝经为止。对于有生育要求的女性，临床上可以给予一定的药物来进行治疗。

巧克力囊肿手术治疗是首选。药物治疗主要达到卵巢抑制目的，或“假孕”和“假绝经”。目前常用药物是孕激素、内美通和促性腺激素释放激素激动剂等。促性腺激素释放激素激动剂作用机制是通过下调垂体促性腺激素分泌，抑制卵巢释放雌、孕激素，造成体内低雌激素状态，起到暂时性药物“去势”作用，使异位内膜萎缩达到治疗目的。研究证明促性腺激素释放激素激动剂有效且安全，主要副反应是低雌激素状态引起更年期症状，如潮热、出汗、阴道干涩、烦躁、抑郁及骨质丟失、关节痛等。为改善用药者症状，需同时补充少量雌激素，即“反向添加”治疗，目的改善低雌激素状态的同时，不促进内异症病灶复发。“反向添加”除可明显改善症状外，骨密度下降也会减少。对内异症引起疼痛治疗办法最多，但特效药不多，治疗效果不理想。可首选非甾体类消炎药，如布洛芬等。若没有生育要求，可放置曼月乐治疗。